甘蓝型油菜乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)基因SNP分析
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摘要: 为了解甘蓝型油菜材料乙酰辅酶A 羧化酶(ACCase)基因单核甘酸多态性及其与含油量的关系,该文采用高、低含油量的自交纯合系材料各6份,克隆了其同质型ACCase基因,经双向测序后用DNASTAR 软件进行CLUSTAL分析,并用DNASP软件进行SNP多态性计算.结果表明:在供试材料共88824bp的基因组核苷酸序列中共检测到317个SNPs,出现频率为1/279;其中发生在编码区的SNP有179个,非编码区138个;ACCase基因编码区的变异小于非编码区;非同义突变平均数(Ka)与同义突变平均数(Ks)比值小于1,表明该基因比较保守.在高含油量材料组中发现了一个明显高于低含油量材料的突变热点区,位于5000~6500bp(即全基因序列的第10088到11588bp)之间,该突变热点区包含了4个外显子和3个内含子,编码同质型ACCase的第1279到1648位共368个氨基酸的序列,这段序列位于生物素羧基载体蛋白(BCCP)与羧基转移酶(CT)功能域之间.此变异区域与ACCase活性及含油量的关系值得进一步研究.
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关键词:
- 甘蓝型油菜 /
- 乙酰辅酶A羧化酶(ACCase) /
- 单核苷酸多态性(SNP) /
- 含油量
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计量
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