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赤霉素(GA)是一类重要的植物激素,对植物芽叶的生长和茎的伸长有重要的促进作用,植物可通过赤霉素合成和赤霉素细胞信号转导途径调控植物的生长发育过程[1-2]. 茶树是重要的叶用经济作物,研究茶树GA信号转导及调控途径,对解释茶树的形态建成过程,尤其是叶片的发育非常重要. GID1s(Gibberellin insensitive dwarf1)为GA受体蛋白,是一种可溶性蛋白,其基因家族成员已在多种植物中被克隆研究,如水稻[3]、葡萄[4]、李[5]、柑橘[6]和百子莲[7]等,且均定位于细胞核. GID1s受体蛋白能够识别活性GA并与之结合,使其构象发生改变,从而提高其与转录抑制因子DELLA蛋白的相互作用,加速DELLA的泛素化通路[1, 7],最终形成GA-GID1-DELLA三聚体,使得DELLA蛋白的抑制作用减弱,导致DELLA蛋白被降解,激活了植物对GA的反应[3, 8-9]. GID1s基因的表达会影响植物的株高及开花过程,水稻过表达OsGID1基因表现出GA敏感表型,株高增加[3]. 在杨树和拟南芥中过表达PtGID1基因也可以促使其花期提前,株高增加[10]. 拟南芥中已被鉴定出3个具有GA受体功能的GID1s基因,分别命名为AtGID1A,AtGID1B与AtGID1C,他们在水解途径中都具有特殊的功能[11]. 在蛋白水解GA信号途径中,AtGID1A在茎的伸长和繁殖力中起到主要的作用,AtGID1C在茎的伸长中起到次要作用,AtGID1B在繁殖力中起到次要作用[12]. 在非蛋白水解途径中,AtGID1A在发芽和茎的伸长中起到主要作用,在繁殖力中起到次要作用;AtGID1B在茎的伸长中起到次要作用,在繁殖力中起到最主要的作用[13]. 此外,龙眼GID1蛋白在种子萌发和花苞发育过程中具有重要作用[14];在水稻中超表达GID1a基因能使叶子保持较长时间的绿色,从而增加植株生物量[2];在紫花苜蓿中GID1b基因主要作用于根和花的发育过程[15].
茶树作为我国重要的经济作物,其生物学形态建成对茶叶的产量和质量等有着十分重要的影响,了解GA在茶树中的信号转导途径有利于提升茶树的经济价值. 前人研究较少涉及茶树GID1受体对GA信号转导途径的作用,而茶树基因组数据的公布使得CsGID1s基因家族的全基因组鉴定及功能分析成为可能. 本研究在茶树全基因组范围内鉴定和克隆了3个CsGID1s基因家族成员,分别命名为CsGID1A,CsGID1B和CsGID1C,利用全面的生物信息学方法分析了该家族成员的特征特性,分析验证CsGID1s基因在茶树不同品种、不同组织及不同非生物逆境胁迫和不同浓度的外源GA3处理下的表达特征,为茶树CsGID1s基因的功能及茶树中GA信号传导途径研究提供参考.
Cloning and functional analysis of CsGID1s gene family in Tea Plant
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摘要: 赤霉素(GA)是重要的植物激素,广泛参与植物生长发育和逆境响应过程. GID1s蛋白是GA受体,在GA信号转导途径中发挥着重要的调控作用. 研究克隆获得了3个‘福鼎大白’茶树的GA受体蛋白家族基因:CsGID1A,CsGID1B和CsGID1C,分别编码蛋白长度为346 aa,430 aa,340 aa,理论等电点分别为8.31,5.97和5.63,均定位于细胞核. 系统进化树和保守结构域分析表明:3个茶树GA受体蛋白间氨基酸序列高度保守,且与葡萄GIDs亲缘最近;3个CsGID1s蛋白的二级和空间结构为羧酸酯酶蛋白家族的典型结构. 转录组数据分析显示:在茶树不同组织部位中,CsGID1C基因的表达量均较高,且CsGID1s基因在叶片和花发育初期的表达量低于嫩叶和半开花组织. CsGID1A和CsGID1B基因在幼嫩组织中的表达量低于成熟组织. 外源赤霉素GA3胁迫处理结果显示:75 μmol/L GA3处理24 h后,CsGID1s基因的表达受到抑制;100 μmol/L GA3处理48 h后,CsGID1s基因的表达被诱导上调. 启动子元件分析结果也显示:CsGID1s家族基因启动子中均含有多个GA及其他非生物逆境胁迫响应的元件. 综上表明:CsGID1s基因参与茶树赤霉素GA信号调控及其他非生物逆境的胁迫响应过程,可为GA信号转导及其在茶树生长发育过程中的功能研究提供理论参考.Abstract: Gibberellin (GA), an important plant hormones, exists widely in plants and involves in the regulation of biological processes and environmental adaptation in plants. As GA receptors, GID1s proteins play important roles in GA signal transduction pathway. In this study, three GA receptor protein genes, CsGID1A, CsGID1B and CsGID1C were identified and cloned from 'Fudingdabai' tea plant. Their nucleotide length was 346 aa, 430 aa and 340 aa, respectively. The theoretical isoelectric points of CsGID1s were 8.31, 5.97 and 5.63, respectively. They were all located in the nucleus. Phylogenetic and conserved domain analysis showed that CsGID1s proteins in tea plant were highly conserved with the homologous protein family in other plants, among which the closest relationship is with grapes. The three CsGID1s proteins had similar spatial and typical structure of carboxylesterase family in α/β folding hydrolase superfamily. The results of transcriptome analysis showed that the expression of CsGID1C gene was high in different tissues and parts of tea tree, while the expression of CsGID1A and CsGID1B genes was low in young tissues and high in mature tissues. The tissue-specific expression analysis showed that the expression level of CsGID1s gene in leaves and flowers of tea plants was low at the early stage of development, and the expression level of CsGID1s gene was the highest in young leaves and semi-flowering tissues. The expression of CsGID1s was down regulated by 75 μmol/L GA3 treatment for 24 h, and was significantly up-regulated after 100 μmol/L GA3 treatment for 48 h. The results of promoter analysis showed that the promoter of CsGID1s gene family contained many GA and other abiotic stress responsive elements. In conclusion, CsGID1s genes could be widely involved in GA signaling pathway and other abiotic stress responses in tea plants, which provides reference for GA signal transduction pathway and its function in tea growth and development.
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Key words:
- tea plant /
- CsGID1s gene /
- bioinformatics methods /
- gene clone .
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表 1 荧光定量PCR引物信息表
引物名称 引物序列 用途 CsGID1A 5′-ATGGCCGCTAGGAATGAAATC-3′和5′-TCAACGATTAGAATGGATGAA-3′ 基因克隆 CsGID1B 5′-ATGGCTGGAAGTAATGAAGTT-3和5′-TTACTCAAGTTCCAAAAACCG-3′ CsGID1C 5′-ATGGCGGGTAGTAATGAAGTC-3和5′-TTAAGAATTAACAAAATCACT-3′ CsGID1A-1 5′-GAATCTCAATTTGGCGTCGT-3′和5′-CGGCAGAAGGTGTCGTAGAT-3′ 荧光定量PCR CsGID1B -2 5′-GGAAGCTTTGTGCACTCCTC-3′和5′-GTTTTCAGGTGCTCGTCGAT-3′ CsGID1C-3 5′-TTCTTCCTCCCCTTCTCCAT-3′和5′-CCCAGCCTTGAACCTCATTA-3′ CsActin-4 5′-CCAGAAAGATGCTTATGTAG-3′和5′-AGATCTTTTCCATGTCATCC-3′ 表 2 茶树基因组中的GA受体蛋白家族成员及其理化性质
基因名称 基因编号 基因位置 编码区长度/bp 氨基酸数目/aa 等电点 分子量/kDa 亚细胞定位 CsGID1A TEA031063 Scaffold1571:353494-356380+ 1 041 346 8.31 39.42 细胞核 CsGID1B TEA029733 Scaffold1424:646077-648240- 1 293 430 5.97 48.42 细胞核 CsGID1C JX235369.1 Scaffold2039:697865-704347+ 1 023 340 5.63 38.53 细胞核 表 3 CsGID1s启动子顺式作用元件预测
顺式作用元件 元件数量 功能 CsGID1A CsGID1B CsGID1C CAAT-box 36 39 38 启动子和增强子区域中常见顺式作用元件 TATA-box 63 36 76 转录起点-30左右的核心启动子元件 TATC-box 1 参与赤霉素反应的顺式作用元件 P-box 1 赤霉素响应元件 chs-CMA2a 1 光响应元件的一部分 Box 4 5 3 AT1-motif 1 GATA-motif 2 GA-motif 1 1 GT1-motif 1 6 LTR 1 参与低温响应的顺式作用元件 MBS 1 2 参与干旱诱导的MYB结合位点 TC-rich repeats 4 参与防御和应激反应的顺式作用元件 ARE 1 5 厌氧诱导必需的顺式作用调节元件 ABRE 2 参与脱落酸反应的顺式作用元件 TGA-element 1 1 生长素响应元件 TCT-motif 1 参与MeJA反应的顺式作用元件 CGTCA-motif 2 TGACG-motif 2 -
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