网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

doi:10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

西南师范大学学报(自然科学版)

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
	姓名不能为空！
邮箱
	邮箱不能为空！非法的邮箱地址。
手机号码
	电话不能为空！请输入有效手机号!
标题
	标题不能为空！
留言内容
	内容不能为空！
验证码
	验证码不能为空！验证码错误！

网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯. 网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法[J]. 西南师范大学学报(自然科学版), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

引用本文:

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯. 网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法[J]. 西南师范大学学报(自然科学版), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai. MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm[J]. Journal of Southwest China Normal University(Natural Science Edition), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

Citation:

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai. MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm[J]. Journal of Southwest China Normal University(Natural Science Edition), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

广西民族师范学院,广西崇左,532200;平顶山学院,河南平顶山,467000

MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai

摘要: 针对传统生物进化树执行效率不高的问题,提出一种网格化MapReduce-Robinson-Foulds (MRRF)距离矩阵并行生物进化树算法.首先,基于HashRF算法基本思想,设计实现了生物进化树MapReduce模型的网格化构建,以及网格参数计算;其次,利用两阶段MapReduce过程分别获得Robinson Foulds距离子矩阵和联合后的距离总矩阵,实现了进化树在MapReduce架构下的Robinson Foulds矩阵表示.最后,通过与Hash和HashRF算法进行对比,显示MRRF算法在运行时间和算法加速比上均要优于对比算法,并通过仿真对网格计算节点在不同核心数情况下对算法的影响进行了实验研究.
- Robinson-Foulds距离 /
- 生物进化树 /
- MapReduce /
- 网格化 /
- 并行计算
- Robinson-Foulds distance，evolutionary trees，MapReduce，grid，parallel computing /

计量

文章访问数: 1150
HTML全文浏览数: 772
PDF下载数: 1
施引文献: 0

网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

广西民族师范学院,广西崇左,532200;平顶山学院,河南平顶山,467000

关键词:

摘要: 针对传统生物进化树执行效率不高的问题,提出一种网格化MapReduce-Robinson-Foulds (MRRF)距离矩阵并行生物进化树算法.首先,基于HashRF算法基本思想,设计实现了生物进化树MapReduce模型的网格化构建,以及网格参数计算;其次,利用两阶段MapReduce过程分别获得Robinson Foulds距离子矩阵和联合后的距离总矩阵,实现了进化树在MapReduce架构下的Robinson Foulds矩阵表示.最后,通过与Hash和HashRF算法进行对比,显示MRRF算法在运行时间和算法加速比上均要优于对比算法,并通过仿真对网格计算节点在不同核心数情况下对算法的影响进行了实验研究.