网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

doi:10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

西南师范大学学报(自然科学版)

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网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯. 网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法[J]. 西南师范大学学报(自然科学版), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

引用本文:

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯. 网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法[J]. 西南师范大学学报(自然科学版), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai. MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm[J]. Journal of Southwest China Normal University(Natural Science Edition), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

Citation:

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai. MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm[J]. Journal of Southwest China Normal University(Natural Science Edition), 2016, 41(2). doi: 10.13718/j.cnki.xsxb.2016.02.016

网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

广西民族师范学院,广西崇左,532200;平顶山学院,河南平顶山,467000

MRRF: The Grid MapReduce-Robinson-Foulds Distance Matrix Based Parallel Evolutionary Trees Algorithm

LI Chun-qing , LI Hai-sheng , LIANG Ting-ting , ZHAO Kai

摘要: 针对传统生物进化树执行效率不高的问题,提出一种网格化MapReduce-Robinson-Foulds (MRRF)距离矩阵并行生物进化树算法.首先,基于HashRF算法基本思想,设计实现了生物进化树MapReduce模型的网格化构建,以及网格参数计算;其次,利用两阶段MapReduce过程分别获得Robinson Foulds距离子矩阵和联合后的距离总矩阵,实现了进化树在MapReduce架构下的Robinson Foulds矩阵表示.最后,通过与Hash和HashRF算法进行对比,显示MRRF算法在运行时间和算法加速比上均要优于对比算法,并通过仿真对网格计算节点在不同核心数情况下对算法的影响进行了实验研究.
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网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

李春青;李海生;梁婷婷;赵凯

广西民族师范学院,广西崇左,532200;平顶山学院,河南平顶山,467000

关键词:

摘要: 针对传统生物进化树执行效率不高的问题,提出一种网格化MapReduce-Robinson-Foulds (MRRF)距离矩阵并行生物进化树算法.首先,基于HashRF算法基本思想,设计实现了生物进化树MapReduce模型的网格化构建,以及网格参数计算;其次,利用两阶段MapReduce过程分别获得Robinson Foulds距离子矩阵和联合后的距离总矩阵,实现了进化树在MapReduce架构下的Robinson Foulds矩阵表示.最后,通过与Hash和HashRF算法进行对比,显示MRRF算法在运行时间和算法加速比上均要优于对比算法,并通过仿真对网格计算节点在不同核心数情况下对算法的影响进行了实验研究.